南京著名的教堂有五个，其中圣保罗堂是最为人所知的。它位于南京市太平南路396号，建成于1923年，是南京中华圣公会的圣保罗堂。圣保罗堂以其罗马哥特式的外观和中国传统内部结构而著称，内有五块珍贵的白石经文碑刻。这座教堂已有80多年的历史，是南京第一座正式的基督教礼拜堂，也是南京基督教现存最早的民国建筑。电影《金陵十三钗》中的教堂原型就是圣保罗堂。莫愁路教堂位于南京市白下区莫愁路390号，是一座哥特式建筑风格的教堂。1980年底，莫愁路堂在南京市市委、市政府的支持下恢复礼拜。该教堂的历史可以追溯到民国16年（1927年），当时名为耶稣会堂，后改名为南京汉中堂。民国25年（1936年），鲍忠牧师筹款重建汉中堂，使其成为一座可容纳1000多人的教堂。石鼓路天主教堂位于南京市秦淮区石鼓路112号，建成于清同治九年（1870年）。北伐战争期间，该教堂遭到严重破坏，但在1928年得到国民政府拨款重修。自1930年代以来，石鼓路天主教堂一直是天主教南京教区的主教座堂，并被列为江苏省省级文物保护单位。基督教江苏路堂位于鼓楼区江苏路60-10号，其历史可追溯到1941年，当时由信徒赵淑英捐赠场地作为聚会场所。1946年，贾玉铭牧师创办的中国基督教灵修神学院迁回南京，并租用该处。后来，信徒人数增加，于是在院内建造了教堂，最初为砖木结构，两层，定名为“中华基督教南京灵光堂”。1958年，灵光堂成为鼓楼区保留的教堂，并改称山西路堂。1999年12月，教堂迁至现址并更名为“江苏路堂”。天城堂位于南京高楼门28号，是一座现代风格的新式教堂，于2012年5月完工，总投资约2100万元。其新颖独特的造型和齐全的内部设施，使其成为南京高楼门地区的一道亮丽风景。圣训堂位于南京市建邺区乐山路158号，是南京最大的教堂，建成于2013年4月，能容纳5000多个座位。它是南京基督教总会所在地，音响效果极佳，使牧师的讲道在任何位置都能清晰听到。醒目的玻璃塔和巨大的建筑面积使它成为南京的标志性建筑之一，也是南京青奥会的指定教堂。
