深圳市保税区地方税务局成立于2007年4月26日，是深圳市保税区人民政府工作部门，依据粤机编办〔2007〕20号文件设立 ，统一社会信用代码为11440300661000681T 。主要负责福田保税区（东起皇岗口岸，西止新洲河东岸，南沿深圳河北岸，北至福强路）及福田区皇岗路、广深高速公路交国花路往南抵深圳河一线以东，红岭路以西，北环大道、泥岗路以南，深圳河以北区域范围内所有内外资企业、行政事业单位、个体工商户、个人独资企业和合伙制企业的地方税费征收管理、税务检查工作，并承担全市反避税工作 。注册及办公地址位于深圳市福田区园岭街道八卦二路613栋 。
2016年1月1日起，该局全面推行可数据化管事模式改革，取消专管员管户制度，原管理科专司风险管理，并创新设立税务咨询科集中负责税务咨询服务 。2017年5月1日起，该局行政执法权限调整为负责福田保税区及福田区彩田路、福强路以东区域的税费管理工作 。2018年6月15日深圳市国地税合并后，其福田辖区内地方税费执法权限由福田区税务局承接，全市反避税工作转由第四税务分局负责 。原办税服务厅于同年7月5日更名为“中国税务（原深圳市保税区地方税务局）”，负责原所辖纳税人的税务登记、纳税申报、税款征收、咨询辅导及有关文书受理等涉税事项，延续原涉税业务办理 。
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