粪便污染指示菌是用于评估样品受人畜粪便污染的微生物指标，主要包括总大肠菌群、耐热大肠菌群（粪大肠菌群）、大肠埃希氏菌、粪链球菌及产气荚膜梭菌等。根据检测菌种的耐热性差异，其卫生学意义层级不同：耐热大肠菌群（44.5℃生长）反映近期粪便污染，卫生学价值最高；总大肠菌群检出仅表明可能受粪便污染，卫生意义相对较弱 。我国《生活饮用水卫生标准》（GB5749-2006）规定饮用水中总大肠菌群不得检出。通过粪大肠菌群与粪链球菌的比值可判定污染源，人类粪便污染时比值≥4，动物污染则≤0.7 。
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