轩辕剑天之痕有两个不同的结局：
结局一： 在这个结局中，靖仇忘却了关于师傅的记忆，小雪在耗尽体力后变回了原形，她在临终前祝福靖仇和玉儿能永远幸福地在一起，并将与师傅的回忆还给了靖仇。 众人回到陆地时，隋朝战乱已经结束，天下已归于李家。靖仇与玉儿结为伴侣，终生在终南山后守护着女娲石与师傅的衣冠冢。 张烈与月儿云游天下，逍遥自在；宇文则带着独孤郡主的灵魂前往西方，临别前将轩辕剑与靖仇的炼妖壶交换以作纪念。六百年后，常有白发仙子在靖仇夫妇墓前垂手供花。
结局二： 在这个结局中，玉儿无法复活，随着失却之阵的发动，她在靖仇心中的回忆也被抹去。 最终只留下小雪一人长伴靖仇身侧，留下了“多情自古空余恨”的感慨。
