昆明航空有限公司（Kunming Airlines Co., Ltd.）于2007年2月25日获民航局批准筹建，2008年12月16日正式成立 ，2009年1月取得《公共航空运输企业经营许可证》，主运营基地位于昆明长水国际机场 。该公司由深圳航空有限责任公司全资控股 ，主营国内支线航空客货运输业务。
2020年10月，昆明航空有限公司飞行部获评全国交通运输系统抗击新冠肺炎疫情先进集体。2022年1月取消征收国内航线燃油附加费 ，同年3月将成都航班转场至天府国际机场 。截至2025年9月，昆明航空有限公司实现连续安全飞行100万小时，依据《中国民用航空安全奖励办法》，获授民航安全领域重要荣誉——“飞行安全一星奖”。
2026年5月14日，由成都天府飞往云南腾冲的KY3191航班，在空中盘旋飞行了7圈未降落至腾冲驼峰机场，最后备降至德宏芒市机场。该航班因异常天气备降，备降后已取消后续航班。
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