边防武警在2018年3月之前由公安部门管理，之后相关职能划归公安机关，边防检查站归公安部出入境管理局垂直领导。
在2018年3月之前，边防武警具有独特的双重身份属性。其既属于武警部队序列，又承担着公安边防的职责，兼具军事性和公安性双重特性。在领导管理体制方面，经历了从“分级管理，分级指挥”到“统一领导管理与分级指挥相结合”的调整，不过总体上是由公安部门进行管理。这种管理模式是为了适应边防工作在维护国家边境安全、打击跨境犯罪等多方面的复杂需求，公安部门能够更好地协调各方资源，发挥边防武警在边境管控、治安维护等方面的作用。
2018年3月，公安边防部队迎来了重大改革。不再列武警部队序列，全部退出现役，并且成建制地划归公安机关。这意味着边防武警的现役编制全部转为人民警察编制，完成了从军事化力量向公安执法力量的转变。这一改革是为了进一步优化国家安全力量布局，提高边境管理和执法效能，使边防工作更加贴近公安工作的实际需求，更好地融入国家治安防控体系。
目前，在边防相关检查工作领域，像珠海、厦门等地的边防检查站，其领导关系明确为归公安部出入境管理局垂直领导。这种垂直领导模式有助于确保边防检查工作在政策执行、业务标准等方面的高度统一，能够更加高效地履行出入境检查、边境管控等职责，维护国家边境地区的安全与稳定，保障人员和货物的合法有序流动。
