武警吉林省总队医院属于武警内卫部队，而武警吉林省边防总队医院则是公安边防部队的医疗机构。虽然两者都隶属于武警系统，但具体管理上有所不同。武警吉林省总队医院由武警总部直接管理，其主要职责包括保障武警内部人员的医疗需求。而武警吉林省边防总队医院则由公安部边防局直接管理，主要服务于公安边防部队的官兵。值得注意的是，尽管都属于武警序列，但武警边防部队并非由武警总部直接管理，而是由公安部边防局负责。因此，在职能划分和管理权限上，两者存在一定的差异。在军事政治方面，两者都接受武警总部的指导，确保在政策和管理上的统一性。然而，具体的医疗保障和服务对象则有所不同，这也使得两者在实际运行中呈现出各自的特点。总体而言，这两家医院虽然同属武警系统，但由于隶属关系和管理单位的不同，其服务对象和管理方式也有所区别。
