1972年，阿菲娅·西迪基出生于巴基斯坦的一个中产阶级家庭。她的父亲是外科医生，母亲是家庭主妇，一家人在卡拉奇的宽敞宅邸中生活，宅子前有座花园，点缀着喷泉。西迪基的兄姐分别在美国接受教育，哥哥穆罕默德成为休斯敦的建筑师，姐姐法齐娅则在波士顿顶尖医院担任神经科医生。
上世纪90年代，她的父母也送她赴美求学，先在休斯敦大学一年，随后转至麻省理工学院专攻生物学。在那里，她以出众的才智和勤奋学习闻名，每年都能获得丰厚的奖学金。研究生毕业后，她进入波士顿的布兰代斯大学攻读神经科学博士学位。
然而，就在她博士学业未竟之际，她的父母为她安排了婚事。她的丈夫阿姆贾德·汗是一名卡拉奇的麻醉医师，背景同样显赫。尽管这段婚姻被认为是门当户对，但婚姻生活并不愉快，阿姆贾德被描述为不解浪漫，甚至在她有了两个孩子后仍存在暴力行为。2001年“9·11”事件后，西迪基带着孩子们回到巴基斯坦，偶尔还会回访波士顿，但最终在2002年6月，她卖掉在波士顿的房产，彻底告别了美国生活，并决定与阿姆贾德·汗分居，尽管当时她已怀有第三个孩子。
巴基斯坦女子阿菲娅·西迪基曾就读于美国名校麻省理工学院，因涉嫌与“基地”组织有牵连而登上美方“黑名单”，被称为“基地之母”，后来涉嫌策划制造爆炸，在阿富汗警察局接受美方讯问。
