袁隆平院士骨灰盒上盖着五星红旗，是因为袁隆平作为“共和国勋章”获得者，其骨灰覆盖国旗是对国家勋章和国家荣誉称号获得者崇高礼遇的体现，具体说明如下：
覆盖国旗的象征意义：国旗是国家的象征和标志，覆盖在袁隆平院士的骨灰盒上，既是对他一生为国家、为人类作出杰出贡献的高度肯定和崇敬，也彰显了国家对他的深切缅怀和崇高礼遇。
相关规定的体现：根据相关规定，“共和国勋章”获得者去世后，遗体覆盖国旗安葬是常见的做法，以表达对他们的敬重和纪念。袁隆平院士作为“共和国勋章”获得者，其骨灰覆盖国旗正是这一规定的具体体现。
袁隆平院士的骨灰安葬仪式在湖南长沙唐人万寿园陵墓举行，亲属和民众纷纷前来追思缅怀。他的墓盖四周环绕着稻穗装饰，墓盖上方端正地摆放着两只碗，碗上写着“愿天下人都有饱饭吃”，这进一步体现了袁隆平院士一生致力于解决粮食问题的崇高追求和伟大精神。
