辅助发电机是机车电传动系统的关键电气部件，将柴油机部分机械能转换为三相交流电，为牵引主发电机、蓄电池及辅助电动机等设备供电。HXN5型机车辅助发电机容量为490kVA，采用星型连接结构，其三套绕组分别输出不同等级三相电，对应供给交流发电机励磁系统、蓄电池充电电路及辅助电动机 。稀土钴永磁辅助发电机采用卷绕环形电枢铁芯结构，利用主磁极端部漏磁通发电，功率大于600VA，配备差动变压器式位置检测器用于起动控制 。
该发电机启动需柴油机转速达400-1050r/min持续20秒、辅助柜门锁闭及智能显示屏AA开关置于In位置。启动时通过蓄电池励磁和SCR整流桥调节。常见故障包括空压机接触器触头粘连及负载过大，可通过修改控制程序、增设延时保护电路解决 。稀土钴永磁辅助发电机采用三个盘式组件组成的磁极系统，作为控制保护装置电源使用 。
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