《李卫当官第三部大内低手》讲述了流浪汉赵三发与大内高手李传卫因相貌相似而命运交织，共同对抗明教叛乱、挫败和珅阴谋，最终找回亲情并收获爱情的故事。具体情节如下：
流浪汉赵三发与受伤的大内高手李传卫因外貌高度相似，被卷入一场身份互换的奇遇。李传卫借机假扮赵三发混入反清组织“明教”，担任重要职位以暗中调查其叛乱计划；而赵三发则意外成为乾隆皇帝的贴身侍卫。尽管赵三发毫无武艺，却凭借机敏与幽默在宫廷政治中游刃有余，成为连接乾隆、嘉庆与权臣和珅的关键人物。
李传卫在明教内部逐步获取信任，暗中收集叛乱证据；赵三发则利用侍卫身份，周旋于乾隆、嘉庆与和珅之间，多次化解危机。二人通过默契配合，揭露了和珅与明教勾结的阴谋，并在嘉庆皇帝登基的关键节点合力除掉和珅，粉碎明教叛乱计划。这一过程中，他们不仅展现了智慧与策略，更凸显了小人物在历史洪流中的重要作用。
随着剧情推进，李传卫逐渐恢复记忆，与赵三发发现彼此竟是失散多年的兄弟，二人关系从身份互换转向亲情重建。同时，赵三发与陈馨儿（赵丽颖饰）发展出感情线，李传卫也收获了自己的爱情。这些情感线索为紧张的权谋斗争增添了温情色彩。
当嘉庆皇帝准备奖赏功臣时，赵三发与李传卫却选择离开官场，前往寻找亲生父母的墓地。这一结局既体现了他们对亲情的重视，也暗示了对权力斗争的厌倦，传递出“功成身退”的哲学思考。
该剧通过双线叙事与历史背景的结合，展现了小人物在时代变革中的成长与抉择，兼具悬疑、喜剧与情感元素。
