《生化危机》系列电影讲述了女主角爱丽丝在保护伞公司制造的生化危机中，与丧尸、变异生物及公司高层斗争，逐步揭开真相并终结危机的故事，剧情共分六部，层层递进揭示阴谋与人性挣扎。具体如下：
第一部：危机初现与蜂巢逃亡故事从爱丽丝在保护伞公司“蜂巢”实验室苏醒开始。她发现自己被劫持至此，而蜂巢内部因T病毒泄漏引发灾难——工作人员感染后变为丧尸。蜂巢管理系统“红后”为遏制危机，下令封锁并杀死所有感染者。爱丽丝与未感染的伙伴一边对抗丧尸，一边寻找逃生路线。最终，仅爱丽丝与伙伴麦特逃出，但随即被保护伞公司制服，成为下一项实验的实验品。
第二部：超能力觉醒与复仇邪神爱丽丝再次苏醒时，已成为保护伞公司的新型生化实验品，拥有超强力量、感知和灵敏度。此时T病毒已蔓延全球，她与伙伴组成调查组深入拉科恩城，发现除丧尸外，还有更强大的敌人——麦特变异成的“复仇邪神”。保护伞公司负责人企图通过毁灭地球遏制病毒传播。爱丽丝与复仇邪神决斗，麦特为保护她牺牲。最终，爱丽丝击败负责人，与伙伴乘直升机逃离，但因核弹爆炸坠毁。她被保护伞公司带回实验室，逃脱后恢复记忆。
第三部：克隆计划与北方净土爱丽丝逃离后，保护伞公司启动“爱丽丝计划”，试图通过卫星控制她。此时幸存者稀少，爱丽丝为保护伙伴选择独自行动，后因摩托车故障重新加入团队。保护伞公司根据她的基因复制克隆人，企图制造超能力战士。爱丽丝发现书籍，得知北方阿拉斯加州是未被污染的“洁净之地”，劝说伙伴前往。卫星发现她的踪迹并试图控制，但她凭借意志力摆脱，并揭露灾难源于保护伞公司。人类濒临灭绝，爱丽丝与伙伴决定攻入保护伞总部终结危机。她杀死伊萨克斯博士，发现无数克隆体，并带领克隆人寻找高层。
第四部：超能力丧失与阿卡迪亚第四部借鉴《黑客帝国》元素，动作场景放缓，打斗渲染出彩。爱丽丝带克隆军团深入保护伞公司，与负责人威斯克对决时被注射T病毒抗体，失去超能力。她驾驶飞机前往阿拉斯加州寻找“阿卡迪亚”，仅找到克莱尔。为寻找答案，她们前往洛杉矶，途中遇到未感染人类并结为伙伴。众人躲进监狱，外面围满丧尸。爱丽丝知晓真正的洁净之地在“阿卡迪亚”船上，但飞机无法载所有人。她释放被锁住的克莱尔哥哥，得知逃生方法。对抗“战神”后，他们成功抵达阿卡迪亚船，却发现威斯克在船上。爱丽丝杀死威斯克，但保护伞高管带直升机战队来袭，战争一触即发。
第五部：真相揭露与记忆唤醒第五部因李冰冰饰演艾达·王吸引关注。爱丽丝在上一部战争中被保护伞高管吉尔·瓦伦丁抓获（吉尔因被控制不记得往事）。艾达·王将她放出，两人逃离中逐渐逼近真相——生化危机是保护伞公司为谋利制造的假象，爱丽丝只是实验品。红后计划以此毁灭世界，威斯克则试图阻止其阴谋。艾达·王的同伙潜入保护伞总部，设定时间炸毁总部，但被吉尔追赶。最终，爱丽丝唤醒吉尔记忆，打败保护伞残存势力。威斯克重新为她注射T病毒，她再次获得超能力。
第六部：终极决战与危机终结第六部为系列总结，所有谜题解开。威斯克背叛爱丽丝等人，红后却愿意帮助她，指引她前往蜂巢进行最终决战。红后告知蜂巢有一瓶空气抗体，可终结生化危机。爱丽丝与伙伴前往时遇到伊萨克斯博士（复制品），威斯克设置困难均被化解。红后暗中为爱丽丝指路，并透露伙伴中有线人。爱丽丝识破线人身份，拿走其子弹。最终决战中，伊萨克斯博士现身，真相大白——他为一己私利使用T病毒毁灭地球，有钱人可通过冷冻避免感染，而爱丽丝是保护伞公司创始人以女儿艾丽西亚为原型制造的复制品。爱丽丝设计炸死博士，但手指被割断。她无法接受真相，但仍为全人类未来跑到蜂巢外打碎空气抗体。复活博士赶来抢夺，却被复制品杀死。爱丽丝将抗体试管打碎，终结了生化危机。
