利根川进于1939年在日本名古屋出生，后进入日比谷高中就读。1963年，他在京都大学取得化学学士学位，同年前往加州大学圣迭戈分校攻读分子生物学研究生。他研究噬菌体的遗传转录，并于1968年获得博士学位。1971年，他成为瑞士巴塞尔市免疫学研究所的分子生物学家。
在大学期间，教生物化学的山田广美教授向他推荐了由法国巴斯德研究所科学家方斯华·贾克伯与贾克·莫诺撰写的一篇论文，该论文里提到操纵子的理论，激发了他对分子生物学的兴趣。1963年毕业后，他进入京都大学病毒研究所，跟随渡边格从事分子生物学的研究。渡边格建议他去美国完成学业，因为日本的环境不适合学好分子生物。他原本打算在日本完成博士后研究后再去美国，但最终还是决定去美国读博士班。
加入研究所后，他研究抗体的起源问题，证明了“体细胞突变”理论。他发现突变的基因片段由基因内区隔开，基因内区包含一种基因控制成分“强化因子”。他的研究对寻找癌症的病因起到了促进作用，尤其是白血病、淋巴瘤等血癌疾病。
1968年，他在加州大学圣地牙哥分校以研究噬菌体转录调控而毕业。之后，他在实验室做了一年博士后研究，并在1969年进入沙克研究院Renato Dulbecco的实验室研究SV40的转录调控。1970年秋，他进入瑞士巴塞尔免疫研究所，所长是Niels Kaj Jerne。
利根川进在家中排行第二，在高中时对化学产生了兴趣，后就读京都大学，因“发现抗体多样性的遗传学原理”而获1987年诺贝尔生理学或医学奖。
