上海出入境检疫检验局下属多个分支机构，各自负责不同区域的检疫检验工作。浦东检验检疫局位于浦东新区，服务范围涵盖浦东地区。上海国际机场检验检疫局则主要负责上海浦东国际机场的出入境检疫检验工作，确保旅客和货物的安全。吴淞检验检疫局坐落于吴淞港区，承担着港口货物的检疫检验任务。闵行开发区检验检疫局则专注于闵行开发区内的企业与产品，提供专业的检疫检验服务。外高桥检验检疫局位于外高桥保税区，是重要的进出口货物检验检疫机构，确保区内货物的合规与安全。奉贤检验检疫局负责奉贤区内的检疫检验工作，确保区内产品符合国际标准。崇明检验检疫局则专注于崇明岛上的检疫检验任务，保障崇明本地产品的安全与质量。南汇检验检疫局负责南汇地区的检疫检验工作，为该区域的进出口贸易保驾护航。金山检验检疫局负责金山地区的检疫检验任务，确保金山地区的货物安全。上海洋山检验检疫局则专注于洋山深水港的检疫检验工作，保障港口货物的安全与合规。航交所办事处位于上海航运交易所，主要负责航运业务的检疫检验工作，确保航运业务的顺利进行。松江办事处负责松江区的检疫检验任务，为该区域的产品提供专业的检疫检验服务。外高桥保税区办事处位于外高桥保税区内，专注于保税区内货物的检疫检验工作，确保区内货物的合规与安全。化学工业区办事处则专注于化学工业区内的检疫检验工作，确保区内化学产品的安全与质量。这些分支机构共同构成了上海出入境检疫检验局强大的检疫检验网络，为上海的进出口贸易提供了坚实的保障。
