后天尊神和先天尊神在起源、性质、功能及与人类的关系上存在显著差异，具体如下：
此外，在道家理论中，先天尊神与后天尊神的区分还体现在内丹修炼中，先天之精、气、神与后天之精、气、神有着不同的内涵和修行意义。
