《Dark Blue》是一部涉及复杂剧情和人物关系的作品。故事围绕主人公哀沢雪斗展开，一个成绩优异但性格内向的学生。他曾经是大集团继承人，与另一大财团的独生女久远寺音羽是青梅竹马。然而，家道中落使他与音羽疏远。雪斗的义姐铃香是学生会长，她溺爱雪斗，并关心他与音羽的关系。铃香的妹妹琴美是家族中的小可爱，受到大家的喜爱。另外两位重要人物是哀沢家的女仆ほのか和管家ナイジェル・ローウェン，他们只服从铃矢的命令。吉良英二是日本首屈一指的大组织吉良组的公子，将来会继承吉良组。他性格粗暴，但喜欢堂堂正正，对雪斗有着爱慕之情。真冈ジュン是爱妮丝的经纪人，他个性自恋，喜欢照镜子，虽然年过三十，外表却异常年轻。鹰峰五郎是雪斗的班主任，与铃香对立。故事开始于主人公一行人去旅行，在伊能家的洋馆落脚。然而，琴美在餐厅被杀，死状凄惨，凶手似乎潜伏在房子里。女仆给了主人公一把万能钥匙，希望他帮助调查。主人公需要找出凶手，同时面临其他危险。在铃香路线中，主人公发现鹰峰五郎鬼鬼祟祟地拿着日记，似乎隐藏着秘密。铃香对雪斗有着爱慕之情，而鹰峰五郎试图利用这个秘密来要挟铃香。在爱妮丝路线中，主人公发现真冈的行迹可疑，跟踪他后发现他在アニス的房间安装了偷拍摄像机。在音羽路线中，英二向音羽告白被拒绝，他恼羞成怒，用暴力逼迫音羽。剧情中还有更多转折和揭秘，例如伊能家的家主伊能健藏和妻子原本生了一对双胞胎，哥哥是玲矢，弟弟是雪斗。为了防止兄弟相争，他们把雪斗交给哀沢家。这些秘密是通过主人公得到万能钥匙，误打误撞进入伊能健藏的房间看到的日记得知的。游戏的结局根据主人公的选择而有所不同。在好结局中，主人公克制了自己的冲动，帮助了铃香和爱妮丝，并与她们建立了关系。然而，在坏结局中，主人公无法克制自己的兴奋，导致铃香和爱妮丝遭受不幸。整部作品充满了悬疑、爱情和家族秘密，玩家需要通过不同的选择来解锁不同的结局。
