中共中央保密委员会设置的办事机构是中央保密委员会办公室。具体介绍如下：
1993 年 12 月，中共中央做出了一项重要决定，将中央保密委员会秘书组与国家保密局进行合并。合并之后，该机构挂两块牌子，分别是“中共中央保密委员会办公室”和“国家保密局”。这一举措整合了相关资源，使得保密工作在组织架构上更加集中和高效。
从领导关系来看，合并后的机构由中共中央保密委员会直接领导。这明确了其在保密工作体系中的核心地位和受上级领导的层级关系，确保了保密工作能够按照中央的统一部署和要求有序开展。
在管理归属方面，该机构由中共中央办公厅代管。中共中央办公厅作为党中央的重要办事机构，具有强大的组织协调和管理能力。由其代管中央保密委员会办公室和国家保密局，能够为保密工作提供有力的支持和保障，包括在人员调配、资源分配、政策落实等方面给予指导和监督，有助于保密工作更好地融入党和国家的工作大局，保障党和国家的秘密安全。
中央保密委员会办公室和国家保密局两块牌子一套人马，在职能上既相互关联又各有侧重。中央保密委员会办公室侧重于从宏观层面贯彻落实中央保密委员会的决策部署，协调各方面保密工作；国家保密局则更多地承担具体的保密行政管理和执法职能，通过制定保密法规、开展保密检查、查处泄密案件等工作，维护国家的保密秩序和安全。
