在遥远的时空中，存在着四神守护的京都。一位从异世界被召唤而来的少女元宫茜作为龙神的神子，与八叶们一同守护着京都免受鬼族的侵扰。她和朋友森村天真、流山诗纹三人，某天突然被召唤到了古代日本的京都。元宫茜身上隐藏着龙神的力量，因此被称为“龙神之神子”，肩负着守护鬼怪横行异变频生的京都的重任。她作为一个女孩所具备的勇气、温柔和智慧，让许多与她相遇的人难以忘怀。鬼族首领阿克拉姆与守护神子的“八叶”因茜的念力而产生了变化。作为神子觉醒的小茜，不仅非常关心八叶，对阿克拉姆也怀着复杂的感情。故事中默认的女主人公是白龙神子，可以追里面的八叶，外加反派的鬼大人阿库拉姆。这是在前作结束100年后的故事。主角高仓花梨是一位高中生，一天放学回家时，突然被一团光包围，被带到名为“京”的异世界。那时候的京分为帝和院两股势力，甚至贵族和平民都分成帝派和院派。花梨虽是被龙神挑选出来的龙神之神子，肩负着拯救京的责任，但为了守护神子而被选出来的八叶却不认同花梨是神子，而且八人之间因为分裂成两个政治党派而彼此不和。花梨一边努力令八叶成为自己的伙伴，一边为拯救京而奋斗。舞台继『遥远时空中2』后又过了大约100年，春日望美是一位普通的高中生少女，因邂逅一名奇怪的少年，被选为“白龙的神子”，穿越时空移动到了正在展开源平之战的另一个世界。在那里，她受到源氏军队的保护，并得知为了回到原来的世界，必须封印怨灵，提高龙神的力量。制造与操纵怨灵的是平家，平家被卷入与平家的战争。平家的领袖还内府，就是从黄泉归来的怨灵小松内府平重盛。由于敌将会操纵怨灵，又富于智勇，源氏一次次陷入苦境。协助主角对抗平家的，是一群为了保护神子而被选中的名为“八叶”的男性。随着故事的进展，主角不断邂逅八叶，并让他们成为自己的同伴。通过共同战斗，克服数不清的危机，同伴之间的羁绊逐渐加深。然而，战乱成为与思念的人结合的障害，甚至可能迎来悲哀的结局。但即便如此，拥有穿越时空力量的主角仍然下定决心，回溯到过去，改变悲剧的命运，救出同伴和重要的人。主角穿越时空，为实现这份恋情而展开的战斗，才真正开始。
