农村合作医疗保险在支付宝缴费，需要在支付宝市民中心内的社保缴费缴纳，以下是具体操作步骤：
搜索城市服务
打开支付宝，进入支付宝主页面，在上方搜索栏搜索城市服务。
打开社保
页面跳转弹出市民中心点击打开，进入市民中心页面找到社保这一图标点击打开。
选择社保缴费
进入社保页面选择页面蓝色小字社保缴费，页面翻转点击进入。
选择险种
进入缴费页面，输入你的证件信息、姓名、选择险种选择城乡居民医疗保险，点击查询，查询到缴费订单，进行缴费即可。
支付宝怎么交农村合作医疗保险费
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