目前普里戈任坠机身亡的真实原因尚无定论，主要存在炸弹爆炸、地面火力袭击等猜测，但均缺乏确凿证据，在黑匣子分析结果公布前只能视为推测。 以下是具体分析：
俄方最新分析指出，普里戈任所乘小型飞机机头垂直下落，机头与机尾坠落地面相距数公里，这种坠机形态极有可能是炸弹爆炸所致。
该架飞机在执行此次任务前进行了长达数日的维护，这为在起落架上放置炸弹提供了可能性。不过，目前并没有直接证据表明炸弹被放置在了起落架上，也没有证据显示是谁放置了炸弹。
西方媒体从飞机失事时的姿态分析，认为普里戈任所乘坐的小型飞机极有可能遭到地面火力的袭击才坠落。但同样没有确凿证据支持这一观点，比如没有目击者看到地面有火力发射，也没有找到相关的弹道痕迹等。
普京方面：西方有人怀疑是俄罗斯总统普京为了维护自己权威统治而采取行动，因为之前很多与普京作对的人基本没有好下场。但这种说法缺乏实质证据，仅是基于过往一些现象的联想。
俄国防部长及总长方面：由于普里戈任生前经常谩骂俄国防部长绍伊古、总长格拉西莫夫，引起他们的不满，所以有人认为他们找到了报复的机会。然而，这同样只是基于人物之间矛盾关系的一种猜测，没有证据表明他们实际实施了相关行为。
私人飞行员方面：普里戈任的私人飞行员阿特姆·斯捷潘诺夫此次没有一同登机，并且提前乘坐飞机飞往堪察加半岛后失踪，媒体分析他很可能已经离境逃往国外。但这并不能直接证明他与坠机事件有关，也许只是巧合或者其他个人原因导致他的这些行为。
不太可能是俄罗斯以外的国家明目张胆地开火击落飞机，毕竟飞机坠亡发生在俄罗斯境内，外国武装不敢如此明目张胆。但也不能完全排除外国人提前安置炸弹的可能性，不过目前同样没有证据支持这一推测。
在黑匣子的分析结果出来之前，一切都只能是猜测。而且即便俄罗斯公布黑匣子的分析结果，也可能因世人认为俄罗斯人习惯于暗箱操作而不被相信。所以，最后普里戈任坠机事件的真实原因，极有可能像北溪天然气管道被炸事件一样，成为一个谜团，直至不了了之。
