鹤岗市卫生局内设机构主要包括以下部门：
办公室：负责综合协调政务工作，起草文件，组织会议，处理文秘、保密、接待等工作，并指导卫生发展战略规划的实施，负责行政复议和行政执法工作。
规划财务科：负责制定全市卫生事业的经济政策和财务制度，并监督执行，同时负责直属单位的财务管理及审计。
人事科：负责管理机关和直属单位的人事、编制，负责人事考核与奖励，并指导事业单位人事制度改革。
政工科：负责领导班子建设和党组织建设，以及知识分子管理、党员队伍建设、思想政治工作等综合管理工作。
医政科：负责医疗机构的发展规划，实施医疗技术规范，管理医疗广告，监督医疗质量和服务，处理医疗纠纷，推进公立医院管理体制改革。
中医科：负责制定中医事业政策，指导中医医疗和管理，监督中医医疗广告，管理个体医疗机构。
农村卫生管理科：负责规划农村卫生，管理新型农村合作医疗，指导农村卫生服务体系建设，并负责乡村医生执业管理。
疾病预防控制科：负责传染病、地方病的防治，疾病监测预警，发布疫情信息，并参与爱国卫生运动和地方病防治工作。
突发公共卫生事件应急指挥中心办公室：负责协调全市卫生应急工作，制定应急规划，指导应急活动，并建立应急信息系统。
妇幼保健与社区卫生科：负责妇幼健康和社区卫生，监督技术服务，预防出生缺陷，并指导社区卫生服务体系建设。
科技教育科：负责制定医学科技、教育规划，督导科研项目，推广医学成果，负责实验室生物安全监管，并组织专业培训和继续教育。
卫生执法监督科：负责规范卫生行政执法，监督各类卫生领域，组织培训，查处违法行为，整顿市场秩序。
药物政策与基本药物制度科：负责执行国家基本药物制度，负责药品和医疗器械的临床应用管理，以及采购、配送和价格监督。
