《圣斗士星矢NEXT DIMENSION冥王神话》以1990年原作中243年前圣战为背景，围绕前代黄金圣斗士及新一代五小强展开，讲述雅典娜与哈迪斯的宿命对决，剧情分三条主线推进：
1. 背景与起因故事承接《圣斗士星矢极乐净土篇》结局，五小强被哈迪斯击倒后，星矢被冥王剑刺中濒死。本代雅典娜城户纱织为救星矢，先求助于月神阿尔忒弥斯被拒，后以生命为代价向时间之神柯罗诺斯换取三天回到过去的时间。然而，柯罗诺斯将其送回前圣战时代时暗中使手段，使纱织变为婴儿，由此引发时空扭曲，243年前的雅典娜萨莎陷入沉睡。同时，神话时代被囚禁的医神阿斯克勒庇俄斯借奥德修斯之身复活，成为第13位黄金圣斗士蛇夫座，企图复仇并统治圣域。
2. 核心剧情线
3. 关键冲突与转折
