《大旗英雄传》剧情以铁中棠、云铮等大旗门弟子的复仇历程为主线，融合爱情、阴谋与江湖恩怨，共41集。
故事开篇：昔年中原武林铁血大旗门遭灭顶之灾，仅铁中棠、云铮等少年弟子在掌门云翼带领下远遁荒漠，卧薪尝胆十余年。待时机成熟，云翼率门人重返中原，却因长子云铿与寒枫堡主冷一枫之女冷青霜相恋，险致大旗门再遭灭门。云翼盛怒之下命铁中棠处决云铿，云铮为兄报仇私自寻仇，暴露大旗行踪，云翼遂将铁中棠、云铮逐出师门。
铁中棠的成长与救赎：铁中棠设疑兵之计牵制五福联盟，冒险救出被围的云铮，反遭其误会投敌而被抛下断肠谷。死里逃生后，他在深谷遇空谷幽兰水灵光，获大旗门掌门令旗、宝藏及剑法，并携水灵光重返江湖。洛阳珠宝风云中，铁中棠以大旗门血旗退九子鬼母，解救李家庄危难。后水灵光因堂兄妹身份痛苦出走，被司徒笑擒住，夜帝之子朱藻救出她并欲强占。铁中棠追至崂山，破朱藻削香剑阵与七仙女阵，功力大进。夜帝夫人以嫁衣神功为铁中棠治伤，使其内力浑雄，终成顶尖高手。
情感纠葛与身份之谜：铁中棠与朱藻结拜为兄弟，为保护水灵光设计促成朱藻与水灵光婚事，却揭露两人乃同父异母兄妹。此时云铮误将铁中棠打下悬崖，铁中棠坠海后闯入海底石洞，随夜帝学成一流武功，终成天下第一高手。
正邪对决与结局：长春岛上正邪激战，云铮与日后母子相认，三代恩怨终了。铁中棠脱困后，武林已毒乱猖獗，他与毒神冷一枫决斗，同归于尽。最终，云铮接任大旗门门主，武林重归太平。
