棘螠科在生物学分类中属于无管螠目。该科是螠虫动物门（Echiura）、螠纲（Echiuroidea）下的一个分类单元。其下的典型物种是单环刺螠（Urechis unicinctus），俗称“海肠子”，属于刺螠科、刺螠属。
