你好，《食品流通许可证》和《保健食品经营许可证》是2个不同的证件，所针对的许可项目也是不同的。
前者是《食品安全法》实施后，新设置的食品流通领域的许可证件，是由工商部门负责发放，主要是针对流通环节的预包装食品、定型包装食品及散装食品等等。
后者是药监部门负责发放的，是针对保健食品。保健食品是食品，但却是特殊的食品，这些具有特定功能的食品，国家同样实行许可制度，由药监部门来监管，并发放《保健食品经营许可证》。
如果你的店只销售普通的酒、饮料、茶叶、糕点等普通食品，那么只需要办理《食品流通许可证》就可以。如果同时还经营保健食品，那么还必须到药监部门去办理《保健食品经营许可证》才可以。
扩展资料：
《保健食品经营许可证》
一、申请资料根据行业性质不同应包括：
（一）餐饮业
（1）卫生许可申请书；
（2）名称预先核准通知书复印件；
（3）法定代表人或负责人身份证明及其它证明材料复印件（包括董事会决议、章程或任命文件、身份证复印件）；
（4）食品生产经营场所使用证明（房屋产权证明或租赁协议），承包合同或协议；
（5）生产经营场所周围30米内环境平面图（注明是否有污染源）、平面布局图（包括标明方位、各功能间、辅助用房的名称、面积，墙壁、地面和天花板表面建筑材料，各种设备、卫生设施及摆放或安装位置。尽可能标明卫生许可审查涉及的全部内容，一页不够，可另加附页）；
（6）新建、改建、扩建单位的《建设项目竣工卫生验收认可书》（500m2以下餐饮业不要求提供）；
（7）加工过程中的污染控制措施；
（8）申请单位卫生管理组织、各项卫生管理制度（学校食堂须提供学校食物中毒应急处理工作预案）；
（9）从业人员健康检查证明登记表（加盖体检机构公章）和企业负责人、从业人员卫生知识培训合格证明登记表（加盖培训机构公章）；
（10）其他应提供的资料。
(二)、公共场所：
（1）卫生许可申请书；
（2）企业名称预先核准通知书复印件；
（3）法定代表人或负责人身份证明材料复印件（包括董事会决议、章程或任命文件、身份证复印件）；
（4）公共场所的使用证明（房屋产权证明或租赁协议、承包合同或协议）材料复印件；
（5）公共场所周围30米内环境平面图（注明是否有污染源）、平面布局图（标明方位、各功能间、辅助用房的名称、面积，各种设备、卫生设施摆放或安装位置。尽可能标明卫生许可审查涉及的全部内容，一页不够，可另加附页）；
（6）应设消毒专间的公共场所还要提供消毒专间平面图（需标明消毒专间面积和各种消毒设施位置、消毒设备型号、规格）；
（7）新建、改建、扩建单位的《建设项目卫生审查认可书》和《建设项目竣工卫生验收认可书》；
（8）提供具备法定资格的卫生技术服务机构出具的相应公共场所卫生检测报告，使用自备井水的公共场所还应提供生活用水的水质检验报告；
（9）公共场所通风设施及情况；
（10）申请单位卫生管理组织、各项卫生管理、消毒制度；
（11）从业人员健康检查证明登记表（加盖体检机构公章）和企业负责人、从业人员卫生知识培训合格证明登记表（加盖培训机构公章）；
（12）其它应提供的资料。
参考资料：食品流通许可证_百度百科 保健食品经营许可证_百度百科
