1. 在二周目游戏中，玩家的行动自由度非常高，迷宫剧情的触发并不受顺序的限制。玩家可以选择在完成主线任务后立即挑战三圣鸟，或者在满足特定条件后探索新区域。2. 通关后，主角会听说布鲁城市发生了变化，于是与搭档一同前往地震鲇鱼所在的池塘。在那里，他们得知进化洞穴已经开放，只要队伍中只剩下一名成员，就可以进入洞穴促使宠物进化。3. 在救助中心，搭档向主角表达想要成为队长的心愿，主角答应了他。搭档会指导主角如何在队伍中调整队长：在朋友区域找到并选择“リ—ダ—にする”选项。4. 第二天，主角在救助中心附近遇到瑜珈王，从他那里得到了有关新地区出现的消息。随后，在广场与荷叶童子对话，了解到有关潜水技能“ダイビング”的信息。在地震鲇鱼的池塘与之对话后，获得“潜水”技能及海皇牙的相关情报。新迷宫随之解锁：愿望之洞20F、塔之池19F、荒野之波40F。其中，愿望之洞的10F、15F和20F分别有潜水、逆流和冲浪这三项秘籍训练机，需带上相应的钥匙和相应属性的怪兽才能取得。5. 击败海皇牙后，主角会在早上收到大嘴鹕鹈的精灵特报，前往城市中心上方的木天狗对话后，新迷宫出现：雷电之殿99F。在该迷宫的15F与岩神柱战斗，25F与冰神柱战斗，35F与钢神柱战斗。击败它们后，三个部件共鸣合成奥 Goal八音盒。持有此道具并在36层以上冒险时，有几率遇到传说中的宠物——梦幻，击败后有一定几率使其加入队伍。6. 成功通过雷电之殿并取得冲浪技能后的第二天，主角前往中心广场，正遇到晕晕兔在路上晕倒，将其救回救助中心。晕晕兔请求帮助调查透明羽毛的神秘力量，并给予主角七彩羽毛。7. 主角前往天然鸟所在的迷宫おおいなるきょうこく，天然鸟指示主角去ほのおのだいち寻找答案。此后进入迷宫时，玩家应先保存游戏，做好充分准备。8. 在ほのおのだいち的30F与炎帝战斗，获胜后炎帝使用生命的火焰为羽毛染色。接着前往イナズマのだいち30F与雷皇战斗，获胜后雷皇对羽毛使用电击。最后在きたかぜのだいち的30F，水君在冰晶出现时战斗，获胜后水君对羽毛使用冰冻，从而获得七彩羽毛。9. 带着七彩羽毛，水君告知主角这是参拜凤凰的必要条件，于是主角前往はるかなるれいほう，40F最高层，传说中的凤凰出现。战胜凤凰并再次参拜后，凤凰有几率加入队伍。10. 回到城市，在中孙档心广场上方遇到晕晕兔，将七彩羽毛交给他后，晕晕兔满意地离开了。完成任务后，剧情发展至新阶段，在迷宫中修行的喷火龙和水箭龟惊动了最强精灵。主角在城市中心告知他人自己是最强精灵，这时被打败的喷火龙和水箭龟回来，告知主角最强精灵出现了，新迷宫随即解锁：泥浆之洞99F。11. 战胜超梦后，主角一出门就感受到狂风，超高速飞行物体掠过，赶到中心广场，发现大家都聚集在一起。变隐龙弟弟生气地说怪风把店铺弄得一团糟。胡地告诉大家，这是水都干的，他现在在きたのさんみやくへ，新迷宫出现。在25F最底层与蓝水都战斗。12. 战胜水都后，将他带回中心广场，他再次倒下，告诉众人其实他在寻找他的妹妹红水都，她可能去了ならくのたに，新迷宫出现。在25F通过后可遇见红水都，无需战斗，直接带回中心广场。13. 兄妹重逢，抱头痛哭，变隐龙兄弟想起自己兄弟间基本没什么情谊，感叹失败。之后双水都加入队伍。这时，玩家可以去挑战三圣鸟，在迷宫ライメイのやま、ほのおのやま、じゅひょうのもり的最底层打败三圣鸟后有几率使其加入，或者去マグマのちてい有更小的几率让古拉顿加入。14. 当三圣鸟都加入队伍后，如果已完成水都剧情，先与胡地对话，然后前往三圣鸟的朋友区域会发生圣鸟集合的剧情，并获得うずしおのいし。同时，新迷宫ぎんのかいこう开启。在99F最底层遇到海神路基亚，战斗后收服。15. 收服路基亚后，天然鸟告知主角，陨石坑已变成外星生物的迷宫，いんせきのどうくつ，20F，进入时要求身上的道具不超过3个，最底层是宇宙病毒迪奥西斯。16. 通过了ならくのたに后，如果已完成画图犬的委托任务，会看到瑜珈王和阿柏蛇在城市里，与他们对话。再过一段时间，在揭示板附近遇到阿柏蛇，询问瑜珈王的事情，揭示板上会出现瑜珈王的委托任务，新迷宫出现：ねがいのどうくつ，99F，进入时等级从1开始。17. 在20F遇到瑜珈王，带回救助中心即可完成任务，同时获得うたごえのいし作为感谢。如果继续冒险至底层，会遇到许愿星。之后瑜珈王和阿柏蛇会来询问是否见到他们的老大耿鬼，之后在城市中心再次见到阿柏蛇，得知耿鬼在ひょうせつのれいほう，前往发现无人。18. 第二天，耿鬼找上门，请求一起去解开谜团。再次来到ひょうせつのれいほう，九尾现身，让耿鬼去最后的迷宫やみのどうくつ寻找答案，这是最终迷宫，为了揭晓最后的谜底，努力吧！19. 耿鬼和超能女皇曾是最好的朋友，为了拯救这个世界，超能女皇选择了以非实体的形式存在，进入了可能将自己毁灭的洞穴タタリ，寻找能拯救这个世界的英雄，然而耿鬼逃走了，时间一长把这些事情全忘记了……现在他了解到自私的自己缺乏的就是这颗救助他人的心，所以重新回来帮助曾经的朋友——超能女皇。20. 洞穴的门打开，终于见到了超能女皇……第二天，在广场上见到超能女皇，她会要求加入队伍，游戏就此迎来圆满结局……
