《长空超少年》隐藏要素如下：
一、前三关顺序选择的影响
游戏开始时，前三关的顺序选择会影响关卡场景及BOSS类型：
二、特殊模式开启方法
在开始游戏画面投入硬币后，持续按住B键并按S键，即可在游戏过程中于左上角显示当前得分倍数及有效时间。此模式可辅助玩家规划得分策略。
三、美作IRORI的隐藏结局
击败最终BOSS后，同时按住1P和2P的S键，直至通关动画出现再松开。此时普通结局中跑向IRORI的女性角色会改为默默走开，触发隐藏剧情。
四、第四关1-UP道具获取
第四关开场后，右侧会快速出现一列列车。玩家需立即飞至列车中间位置，待列车行驶至尾段时，奖命道具会从上方飞过。需在列车中间或靠上位置才能触发道具碰撞。该道具出现于大飞机（小BOSS）前，若大飞机出现但未获得奖命，则说明未成功获取。
