《圣少女舰队》的故事介绍如下：
故事背景：5年前，日本面临敌国联合舰队的威胁，关键时刻，一支名为“巴金富里托”的神秘女性部队利用“处女能源V”迫使联合舰队撤退，并签订了临时停战条约。这种能量仅由选定的处女所拥有，具有强大的力量。
部队重组：为了准备未来的战斗，军队从全国招募有潜力的少女，15年后，“巴金富里托”再次集结，由12位少女组成，准备应对新的挑战。
新使命：这支部队的新使命是修改“世界停战条约”。前一个条约虽然带来了暂时的和平，但也产生了一系列问题。为了更彻底地解决问题，各国代表聚集在一起，打算修正条约中的不完善部分。
主要反派：一个名为“战略王”的人试图阻碍条约的修改进程，他意图让世界再次陷入战争。战略王是世界最强的战略家，他的伙伴们被认为是不败之师，他们企图利用自己的力量让世界陷入混乱。
故事主题：“巴金富里托”少女们在这个危机四伏的世界中，必须发挥出她们独特的能量，运用智慧和勇气对抗试图破坏和平的人们。她们的故事不仅是关于战斗和胜利，更是关于勇气、友情和对和平的渴望。在这个动荡的时代，她们将如何运用“处女能源V”拯救世界，让世界再次回归宁静与和平，是故事的核心所在。
