《孝庄秘史》大结局剧情如下：
顺治失子丧妻，痛不欲生：顺治皇帝在短时间内经历了失去爱子与爱妻董鄂妃的巨大打击，他深感绝望，不仅废除了娜木钟的皇后之位，还为董鄂妃和四阿哥举行了隆重的丧礼。这一系列行为引起了皇族大臣的强烈不满，也让大玉儿（孝庄文皇后）深感忧心。
顺治决意出家：顺治皇帝痛恨自己生于帝王之家，无法像普通人一样过平淡的生活，更不能与自己心爱的人相守一生。因此，他决意出家遁世，前往西山清凉寺要求剃度出家。尽管方丈以死相劝，顺治仍然心意坚决，甚至自己动手剃度。
大玉儿苦劝无效：大玉儿得知顺治出家的消息后，急忙赶往清凉寺，试图劝阻顺治。然而，顺治心意已决，坚持要出家。小唐见状，自请以身代顺治出家，希望顺治能冷静下来。最终，顺治在大玉儿的劝说下暂时放弃了出家的念头，跟随大玉儿回宫。
顺治重病驾崩：顺治回宫后不久便重病缠身，原来是出痘所致。病情来势汹汹，顺治很快便驾崩离世。大玉儿为此心碎不已，她回顾自己生命中三个重要的男人——皇太极、多尔衮、顺治，都是多情种，都为爱痴狂。尽管她感到疲惫，但为了大清国的将来，她不得不坚强起来。
大玉儿选定康熙为继承人：为了大清国的稳定与未来，大玉儿选择了已经出过痘的三阿哥玄烨作为继承人，年号“康熙”。她决定陪伴在年幼的康熙身边，共同开创大清国璀璨的未来。
